Học tập tại trường Tiểu học Nguyễn Tất Thành, học sinh có thể tham gia rất nhiều hoạt động ngoại khóa khác nhau với các nội dung được thiết kế kỹ lưỡng nhằm phát triển và nuôi dưỡng tài năng của các em.
Chương trình hoạt động Ngoại khóa được chia thành 6 hạng mục – Hoạt động xã hội, Mỹ thuật, Âm nhạc, Công nghệ, Thể thao và Ngôn ngữ. Trong suốt năm học, các em học sinh được khuyến khích tự chọn những hoạt động mà mình sẽ tham gia nhằm mở rộng vốn kỹ năng và tìm kiếm những đam mê mới.
Phần lớn các hoạt động được tổ chức sau giờ học, cụ thể từ 15 giờ 05 tới 16 giờ 05; tuy nhiên, một số hoạt động lại diễn ra trước giờ học và trong giờ ăn trưa.
Hầu hết các câu lạc bộ ngoại khóa đều miễn phí và chỉ có một vài câu lạc bộ thu một khoản tiền nhỏ để trang trải các chi phí hoạt động. Chương trình hoạt động ngoại khóa có thu phí là 1 phần trong số các câu lạc bộ ngoại khóa mà Trường đưa ra nhưng là chương trình tùy chọn.